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　　二次离子质谱仪的操作模式能够分成质谱表面谱、成像模式、深度剖析等。其中质谱模式有着高分辨率。对于各种材料中所含有的元素、材料中的掺杂、污染物中的成分等的鉴别较为常用。二次离子在二维平面上的强度分布，即是二次离子质谱成像，能够将成分的分布比较直观的显示出来。使得元素离子、分子碎片或分子离子的形貌获得。交替式地对分析样品表面溅射剥离和对溅射区域采集图谱，即是深度剖析，由深度剖析结果中能够使得不同成分沿深度方向的分布得到。能够使样品深层或内部化学成分的叁维图像获得。能够分析材料或者生物组织微区成分。

 

　　这些年以来，伴随着仪器的发展，二次离子质谱仪也在生命科学领域得到了非常广泛地应用。比如在生命科学领域可视化分析单细胞，能够使得药物在细胞内的吸收，分布，代谢等信息获得，还能够将药物在组织或者细胞中的定位研究出来，对于药物的靶向性的提高和药物的合理设计的意义非常重要。